公园纪年1350年，人类发现了这个他们赖以生存的宇宙黑暗的真相——他们的宇宙正在消亡，一种名为真空衰变的现象正在以光的速度向宇宙传播，经本文明推测，这是一个前星际时代文明为了探索宇宙大一统模型的实验所带来的毁灭性后果，真空衰变现象以0.3秒的时间摧毁了他们的母星，并以光速传播。
在发现现象的5年后，人类为了拯救自己的文明，诞生了方舟计划，这是5艘宇宙最先进的寰宇飞船，为了文明的延续，向黑暗宇宙的中心飞去，重启宇宙或逃逸，为自己的文明留下希望的火种。这是一场豪赌，一场背负整个文明的赌博，5位被选中拯救人类于洪水之中的“诺亚”——领航员们，背负人类最后的希望，孤独的前往宇宙中心。
之后的元年正式改为——方舟
方舟纪年2350年
我眼前的浮窗显现的正式一篇名为《方舟——领航员手册》中关于人类文明的介绍。
1000年，我醒来了，这1000年来，我一直在休眠，现在却被舰上的智能AI叫醒，因为地球已经300年没有消息传来了。在刚刚启程的时候，方舟1～4号已经出发了50年，而我的方舟5号也追随前辈们的脚步，去探索宇宙最终的真相。在刚刚启程的时候，因为在光速航行，与地球的通信时间变得越来越久，但是这次，地球那边的通信却完全消失了，通信频道上一片静默，像未曾发出声音似的，但我却清晰的明白——地球，已经毁灭了，被真空衰变包裹住，变成了宇宙中美丽的泡影，消散。
我望着屏幕久久不语，一滴泪水划过脸颊，这1000年来，每隔100年我都会醒来一次，回复地球的通讯，报告飞船的状况，这也是我唯一与家乡沟通的方式，但现在唯一变为了虚无，因为这300年的通讯断层让我瞬间明白了宇宙最终真相的残酷。
“请您节哀，地球的毁灭只是时间问题而已，在这宇宙中，如此残酷的景象还在各处不断上演。”
突然一位少女的声音传入我的耳朵，这是舰上的智能AI——“黎明”，黎明是我亲自命名的，代表了希望的曙光。
“嗯，我知道了，我的承受能力还没这么差。”我回答道
“毕竟您是领航员啊”在夸赞了一句后又说到
“这是这100年来的航行日志，请您过目。”
我眼前浮现出一个窗口，上面记载了这100年来的航行旅程发生的事。
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