后来黄明辽上书以不便管理为由，请罢二郡。于是杨广将二郡并为且末、鄯善二县，归入伊吾郡中，并在二县分别设石城镇、播仙镇，属西州总管府。
黄明辽在西域的前几年，西域的局势相对稳定。在大隋、西突厥射匮可汗、铁勒人三方面打击下，西域霸主泥撅处罗可汗轰然倒下，各方势力都在抢夺资源，重新划分势力，基本上互不干涉。
黄明辽因此进占蒲类海，并在此设蒲类县和北伊吾镇。
在此之后，黄明远又用了两年多的时间，占据可汗浮图城及周边地区，击败了屯驻在此的西突厥残余势力。
乃改可汗浮图城为金满县，增设轮台县、西蒲类县二县。从伊吾郡向西，又先后设清海镇（今新疆沙湾县东玛纳斯河西）、神仙镇（今新疆吉木萨尔县南）、咸泉镇、独山镇（今新疆木垒哈萨克自治县油库对面古城遗址）、沙钵镇（今新疆吉木萨尔双河古城）、冯洛镇（今新疆吉木萨尔三台镇东北）、耶勒镇（今新疆三台八家地古城）、俱六镇（今新疆阜康天池乡六运古城）、张堡镇（今新疆昌吉古城）、乌宰镇（今新疆玛纳斯楼南古城）、叶河镇（今新疆奎屯东）、黑水镇（今新疆乌苏西）、西林镇（今新疆乌苏西古尔图）、东林镇（今新疆乌苏四棵树乡）十四个边镇，尽取天山以北，沙陀碛（今新疆准噶尔盆地古尔班通古特沙漠）以南的广大地区，其势力向西直到黄草泊（今新建艾比湖）一带。
射匮可汗眼看着大隋势力一点一点向西扩展，却没有办法。他既受限于没有统一内部，又不敢轻易得罪大隋，便听之任之，等待时机。
黄明辽也知道自己同样无法和西突厥相抗衡，因此势力不过天山，只在西突厥势力薄弱的天山以北发展。
为了帮着黄明辽经营西域，黄明远数次上书杨广，请迁移关中、河东、河南等地无地百姓，并征发赘婿、隶民、匪徒、胥人等，迁往西域，充实西域汉民力量。自大隋四年起，朝廷先后组织四次移民，往西域迁徙了汉民愈六万人。
这些汉民尽是壮汉，到了西域，黄明辽帮着他们娶妻安家，很快便成为六万户百姓。再加上黄明辽带来的一万多士兵，到大业十年，汉民在西域超过八万户。
而另一方西突厥射匮可汗，很快收拢了西突厥各部实力，势力急速扩张，其境北至天山，东抵达高昌，西至咸海，玉门关以西诸国都附属于他。射匮可汗又在龟兹北三弥山，建立汗廷，其目标直对的便是大隋西州。
黄明辽知道，双方为了争霸西域，必有一战。单凭隋军实力，恐难得胜，最好的办法便是拉拢友军，联合对抗突厥。
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