那么，为保证上述两件事的执行。就有此次整训的第二步，在每一个百户、总旗中设立军法官。保证军法的执行，记录战场功勋、宣传忠君爱国之思想、并教授士卒识字。职位分别与百户、总旗相当。但不得干预军中指挥。
这些军法官的升迁由后军都督府决定。这一部分的军法官，第一批将会由新军营和新军营初级学堂的毕业生混合组成。第二批则在蓟州镇中产生。
因而，这就有整训的第三步，军官的培训。
天子已经在诏令在京中设立大明皇家军事学院。蓟州镇的军官要轮流前往军事学院中进行三到六个月的学习。学习什么？
第一，鉴于当前兵器的革新，也就是燧发枪和火炮的大规模运用，军中的战术要更新换代。这是每一个指挥员都需要学习的。目前的教材是新军营的《步兵操典》。
第二，培训大量的军法官。确保军队对大明，对天子的忠诚。确保军中晋升的公平。
以后，将门世家不再是独有的。而是要将真正有才华的人选拔出来。
整训的第四步，军衔改革。
大明的军队体系中，其官职、称号、品级之混乱，实在是世所罕见。搞的乱七八糟。
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